1885 — 1950er Jahre
Eduard Leonhardis Intention einer mäzenatischen Nutzung des umgebauten Mühlengebäudes als Wohn- und Atelierhaus für junge Künstlerkollegen scheiterte schnell an der Realität. Nach anfänglich euphorischer Inbesitznahme des »Künstlerhauses« verlor sich die Künstlerschar schnell in Streitereien und zerstreute sich alsbald in alle Winde. 1885 eröffnete der Maler an selber Stelle das »Landschaftsmuseum Eduard Leonhardi«. Zunächst auf Anmeldung und ab 1896 regelmäßig von April bis Oktober konnte sich der Kunstfreund dort der Betrachtung romantischer Naturdarstellungen von Eduard Leonhardi widmen. Eine Quelle aus dem Jahr 1936 berichtet, dass 28 Gemälde gezeigt wurden.
In den 1940er Jahren blieb das Museum geschlossen. In der Nacht des 13. Februar 1945 trafen Stabbrandbomben auch das Leonhardi-Museum; ein Gemälde, das große Glasfenster sowie das »Aquarellzimmer« wurden zerstört. Dennoch eröffneten Leonhardis Erben wenig später eine Interimsausstellung, die bis 1953 zur Besichtigung lud. 1954 wurde das Museum wieder geschlossen und im November 1956 vom neuen Rechtsträger, dem »Kulturbund zur demokratischen Erneuerung Deutschlands«, wieder eröffnet. Wachsende Kritik an Leonhardis »weltentrückter Romantik« bewog die Funktionäre jedoch bald darauf zur Schließung der Ausstellung.
1963 — 1990
Das Jahr 1963 markiert den Beginn des bisher wohl spannendsten Kapitels des Leonhardi-Museums. Seinen Ruf als legendären Ausstellungsort verdankt das Haus vor allem den Aktivitäten jener Jahre. Auf erste Initiative des Malers Günter Tiedeken bildeten junge Künstler in wechselnder Formation die AG LEONHARDI und nahmen so das große Ateliergebäude in Besitz. Dresdner Maler, Grafiker und Bildhauer gestalteten dort in Eigenregie Ausstellungsprogramme, die alternierend jungen Künstlern, Künstlern der mittleren Generation wie auch den inoffiziellen Nestoren der Dresdner Kunst ein öffentliches Podium boten. Auch wurden Ausstellungen aus den Nachlässen bedeutender Dresdner Künstler gestaltet.
Trotz zahlreicher Be- und Verhinderungen durch die Stasi und andere offizielle Organe, fanden im großen Saal mehr als 100 Ausstellungen statt, darunter so spektakuläre wie 1982 die Gruppenexposition »Frühstück im Freien«, die sich thematisch mit Edouard Manets gleichnamigen Gemälde beschäftigte und an der sich über 30 Maler, Grafiker, Bildhauer und Fotografen beteiligten.
»Das Leonhardi-Museum war der einzige Ort in der DDR, an dem Künstler in produktiver Eigenständigkeit über einen so langen Zeitraum Ausstellungen zeitgenössischer, nonkonformer Kunst organisiert haben«, resümierte Angelika Weißbach 2006 in der Jubiläumspublikation »Manet würde sich wundern. AG Leonhardi-Museum 1962–1990«.
1991 — 2002
1991 erhielt die Malerin und Restauratorin Ulrike Haßler-Schobbert vom Kulturamt der Stadt Dresden den Auftrag, die ehemalige Galerie Ost und Volkskunstgalerie als städtische Galerie mit musealem Teil zu Eduard Leonhardi unter dem ursprünglichen Namen Leonhardi-Museum weiterzuführen. Ganz im Sinne Leonhardis sollte das Haus der Kunst dienen und sich besonders für junge Künstler öffnen. »Das Konzept und das Profil des Hauses sieht seinen Hauptakzent seit 1991 in der Präsentation Dresdner und Sächsischer Kunst mit dem Schwerpunkt der Förderung lebendiger Kunst« (Ulrike Haßler-Schobbert in »Leonhardi-Museum. Dokumentation der Ausstellungsarbeit 1991–2002«).
Unter schwierigsten Arbeitsbedingungen, wie ungeheizte Ausstellungsräume und defekte Elektrik, wurden bis Frühjahr 2002 insgesamt 141 Ausstellungen präsentiert. Erwähnenswert sind dabei neu entwickelte Ausstellungsreihen wie »Vier, …«, die jungen Künstlern vorbehalten war oder die Reihe der ehemaligen Dresdner Künstler, die nach Ausbürgerung oder Weggang von Dresden mit ihrem gereiften Werk wieder in die Stadt zurückkehrten.
Während der Sanierungsarbeiten von Herbst 2001 bis Sommer 2003 wurde das Bräustübel am nahen Körnerplatz als Interimslösung für die Ausstellungstätigkeit genutzt.
Im Juni 2002 trat Bernd Heise die Nachfolge der Museumsleitung für die in den Ruhestand entlassene Ulrike Haßler-Schobbert an.
2003 — heute
Nach umfangreicher Renovierung und Modernisierung wurde das Leonhardi-Museum im Herbst 2003 mit einer Ausstellung über Hermann Glöckners in Dresden wiedereröffnet. Die Wahl dieses Künstlers darf durchaus programmatisch und wegweisend für die konzeptionelle Ausrichtung der zukünftigen Ausstellungstätigkeit gesehen werden: »Der Aspekt der Konstituierung des Universalen aus dem Regionalen soll für unsere Arbeit bestimmend bleiben – wir wollen dabei den mannigfaltigen Wechselbeziehungen zwischen Künstlern und dieser Stadt nachspüren. Hermann Glöckners Werk wurzelt in der Region, weist aber darüber hinaus; es ist vielfältig, aber nie beliebig; unspektakulär und sparsam in Form und Mitteln, aber reich in der Wirkung; es ist Sammlung, nicht Zerstreuung. In diesem Sinne kann es Anspruch auch für die Arbeit unseres Hauses sein« (aus dem Vorwort zum Katalog »Hermann Glöckner für Dresden«). Ausstellungen zu Werner Stötzer und Jürgen Schön, Albert Wigand und Elisabeth Ahnert aber auch Arno Fischer und Heinrich Zille geben beispielhaft einen Einblick in die Spannbreite der konzeptionellen Umsetzung.
Anlässlich des 100. Todestages von Eduard Leonhardi im Jahr 2005 fand zudem die viel beachtete Ausstellungsreihe »Wald – eine Romantikreflexion« statt, die zeitgenössische Positionen von Frank Lippold, Yannik Demmerle und Yehudit Sasportas sowie – erstmals in den neuen Bundesländern – von Anna & Bernhard Blume präsentierte.